市铁路民航中心设下列内设机构：
（一）办公室。负责文秘、会务、机要、保密、档案、信访、值班、安全、公务接待、公务用车管理等日常运转工作，承担政府信息和政务公开、建议提案办理等工作。承担和协调重大课题的政策调研。
（二）财务科。负责财务、统计、内部审计、国有资产管理等工作。
（三）规划建设科。参与拟定铁路规划和计划，组织协调地方铁路规划计划的评估咨询、可行性研究等前期工作。
协调普速铁路及其客、货运设施建设、改造工程的争取、立项、规划、相关政策落实等工作。负责地方铁路及其设施建设、维护和管理的技术指导工作。负责地方市政工程涉及铁路施工许可的协调服务工作。配合有关部门做好普速铁路沿线环境综合整治工作。参与全市铁路道口监护管理和综合治理工作，负责途径临沂境内铁路平交道口的改造和安全管理工作。
（四）高铁建设科。参与拟订高速铁路规划和计划。协调高速铁路项目的争取、立项、规划以及相关政策的落实，提出高速铁路建设资金筹措方案的建议。指导协调高速铁路建设征地拆迁工作，承担高速铁路项目建设协调服务工作。配合做好高速铁路沿线环境综合整治工作。
（五）轨道交通科。参与编制城市轨道交通线网规划和建设规划，组织协调城市轨道交通拟建线路工程的立项、可行性研究等前期工作。承担城市轨道交通相关政府性补贴资金的审核、上报的服务保障工作。负责拟建线路工程及其设施建设、维护的技术指导工作，承担城市轨道交通运营及运营安全的技术指导工作。
（六）民用航空科。负责机场新建、改扩建等项目的相关协调工作。承担机场相关政府性补贴资金审核、上报的服务保障等工作。参与空港物流园、航空口岸建设的协调服务工作，协调落实货运专包机航线，推进航空物流业发展。协调落实机场净空管理规定，指导机场客货运输安全工作。负责通用机场建设的技术指导和服务保障工作，指导通用机场运营安全和通航产业发展。协调临沂通用航空协会开展工作。
（七）铁路运输科。参与拟订全市铁路物流业发展规划。协调全市铁路客货运输工作。提出铁路物流园区布局规划的建议，参与铁路专用线、铁路物流园和铁路口岸建设运营工作。承担铁路相关政府性补贴资金审核、上报的服务保障等工作。负责铁路货运班列开行线路的培育、货运平台的组织协调工作。
（八）综合业务科。配合做好交通战备工作，组织协调市内相关重大活动的铁路、民航、城市轨道方面的交通保障。负责机构编制、人事管理、社会保障等工作，负责离退休人员的管理服务工作。负责中心党的建设和群团工作。
2021年9月17日成立党总支，下设机关党支部、项目建设党支部、老干部党支部三个党支部。
无下属二级单位和企事业单位。
